Siglos XVI
En este monasterio de San Francisco hubo una imagen de Jesús atado a la columna, obra del escultor toresano Sebastián Ducete, realizada hacia el año 1611, que probablemente saldría en la procesión mencionada por el P. Palacios, y que hoy se encuentra en la iglesia de San Gil, donde fue llevada tras la Desamortización en el siglo XIX. Proveniente de otro convento desaparecido en la ciudad burgalesa durante la Exclaustración, el convento de la Merced, se encuentra, también en la iglesia parroquial de San Gil, una imagen de Nuestra Señora de los Dolores, de mediados del siglo XVIII y estilo barroco, que hoy procesiona en las tardes del Jueves y Viernes Santo la Real Hermandad de la Sangre de Cristo de Burgos y Nuestra Señora de los Dolores.
Históricamente, han sido otros dos monasterios, el de San Agustín y el de la Santísima Trinidad, los que con sus respectivos Santos Cristos, han fomentado la devoción al Crucificado en Burgos. En el primero, se veneró, desde tiempo inmemorial, la sagrada imagen del llamado Cristo de Burgos, que con motivo de la supresión de las órdenes religiosas en España, fue trasladada en 1836 a la Catedral, ocupando la capilla de su advocación. En el segundo, situado junto al convento de San Francisco, no menos devoción alcanza en la ciudad el Cristo de la Trinidad, conocida como el Cristo de las Santas Gotas.
En 1592 se erigió en este convento de la Trinidad una cofradía llamada de la Sangre de Cristo, dedicada a tributar culto a la venerada imagen. Todos los años, el Domingo de Ramos, esta cofradía pasional -una de las más antiguas de las que tenemos noticias- organizaba una procesión, en la que salía la imagen del Cristo de las Santas Gotas, y, al parecer otro paso que representaba al Santo Cristo con la Venerable María de Jesús a sus pies, llevando el lienzo en que recogió las gotas. La imagen del Crucificado, permaneció en el convento de la Trinidad hasta la invasión francesa. Con este motivo se trasladó a la iglesia y devuelta años más tarde a su convento, hasta que se volvió a donar a San Gil, definitivamente, el año 1836, al abandonar los trinitarios su convento.
En Burgos, en la Edad Media, las cofradías tuvieron un gran florecimiento, y, según estudios de los profesores Juan A. Bonachía e Hilario Casado, "se obtiene la impresión de que no había vecino en la ciudad que no formara parte de alguna cofradía, dado el número de las que se citan". Así, nacerán la cofradía de San Eloy, la cofradía de San Martín y San Marcos, la cofradía de Nuestra Señora, la cofradía de San Miguel, la cofradía de Santa Catalina, la cofradía de San Cosme y San Damián, la cofradía de San Vicente, más tarde llamada de San Esteban, la del Cuerpo de Dios en nuestra Señora de Viejarrúa, la de los Santos Mártires y muchas otras que aparecen unidas a los nombres de los santos titulares de sus parroquias de origen, como la cofradía de Santa Águeda o la de San Nicolás. No menos importancia van a alcanzar en Burgos -al estar enclavada la ciudad en el Camino de Santiago- las cofradías dedicadas a Santiago, entre cuyos fines primordiales estará la asistencia a los peregrinos, para los que se fundan numerosos hospitales, que amén de las grandes fundaciones reales -Hospital de San Juan, el Hospital del Emperador o el más afamado del Hospital del Rey-, vendrán a completar la creciente demanda benéfica de las peregrinaciones medievales. Conocemos, entre otros, los hospitales de Nuestra Señora de Rocamador, fundado por la cofradía del mismo título, con sede en la iglesia de San Román; el de San Juan de Ortega, cuya cofradía estaba establecida en Nuestra Señora de Viejarrúa; el Hospital de Anequín, de la cofradía de Santa María y San Juan; el de Santa Marina, de la cofradía del mismo nombre, establecida en la iglesia de San Llorente, o el hospital de la cofradía de Santiago y de Santa Catalina, asociada a la parroquial de San Gil.
También distinguidas clases sociales de la ciudad formarán sus propias cofradías, como la cofradía de Santa María de Criazón, fundada en el siglo XIII por clérigos y a la que pertenecerán "los reyes, el obispo de Burgos y las dignidades y beneficiados de la Iglesia catedral"; la cofradía de Santa María la Real, fundada en el año 1273; la cofradía de Nuestra Señora de Gamonal, fundada en 1285; la de Nuestra Señora de Gracia o de los "Trece caballeros hidalgos"; y la cofradía de Santiago, establecida a comienzos del siglo XIV en la iglesia de Santiago de la Fuente -hoy con sede en la Catedral-, a la que pertenecerán los más ilustres caballeros de la ciudad. Junto a estas hermandades, adquieren también singular importancia las cofradías penitenciales que durante la Semana Santa desarrollarán sus cultos principales, junto a las procesiones que, en la calle, acompañan los "pasos", imagen o grupo de ellas representando un tema o escena referido a la pasión y muerte de Jesús, que mueva a compasión a la muchedumbre de fieles que la contempla en las calles. Aunque se conocen la existencia de este tipo de cofradías desde el siglo XIII, es, tras el Concilio de Trento (1545-1564), cuando se potencia su difusión por toda la Cristiandad.
Además de las cofradías descritas de la Vera Cruz y la de la Sangre de Cristo, existía en el siglo XVI otra cofradía dedicada a Nuestra Señora de la Soledad, que también se hallaba bajo la advocación de La Muerte. De allí salía una procesión en la noche del Viernes Santo, al parecer una "procesión de disciplina" llevando el paso de "una Ntra. Sra. que está en una Cruz negra, con el sudario pendiente", y que era levantada en alto delante de todos los cofrades".
En 1585 encontramos una cofradía con el título de Nuestra Señora de la Soledad establecida en la Capilla del Santo Sepulcro de la Catedral. En el siglo XVI se veneraba allí "una imagen de Nuestro Señor en el Sepulcro, un devoto Crucifijo y un Ecce-Homo". En 1525 otorgaba el Cabildo licencia para fundar en ella una cofradía con la advocación del Sepulcro (cofradía del Santo Sepulcro en Hierusalem). La cofradía era de carácter penitencial, y, al menos en los años ochenta del siglo XVI, celebraba procesiones en las que sus miembros estaban obligados a disciplinarse.
Probablemente estas imágenes que se mencionan en los documentos de finales del siglo XVI como pertenecientes a la cofradía del Sepulcro, sean las que actualmente conocemos como Cristo atado a la columna, obra de Diego de Siloe y la otra, un Cristo yacente que se expone en la Capilla de don Gonzalo de Lerma. Estamos, por tanto, ante las más antiguas imágenes procesionales, de las que tenemos noticias, de la Semana Santa burgalesa.
En 1726 se funda en la iglesia de San Nicolás de Bari la Cofradía de Nuestra Señora la Virgen de la Alegría, acaso la más antigua aún hoy existente, que hoy procesiona en la mañana del Domingo de Resurrección para anunciar la feliz Pascua de Cristo. La parroquia de San Pedro de la Fuente conoció en el año 1778 la fundación de la Cofradía de Nuestra Señora de los Dolores y en 1794 se funda en la parroquia de San Cosme y San Damián la Cofradía del Santísimo Sacramento, en la actualidad denominada Ilustre Archicofradía del Santísimo Sacramento y de Jesús con la Cruz a Cuestas.
Tras la Desamortización Eclesiástica, se requisaron todos los bienes a los conventos y las Cofradías, desapareciendo muchas de ellas, así como las imágenes de las que eran titulares, salvándose sólo unas pocas al ser recogidas en la Catedral o en las iglesias parroquiales.
A mediados de este siglo XIX, con el fin de reorganizar las celebraciones procesionales de pasión en la ciudad, se funda en la parroquia de San Cosme y San Damián la Hermandad del Santo Calvario que organizaba la procesión del Viernes Santo, contando con dos pasos: la Virgen de los Dolores y un Cristo.